A antiga Capela Nossa Senhora de Lapa, construída no século XVIII, pelos jesuítas que adquiriram, através de doação, um sítio que se transformou na Fazenda Geral de Cubatão. Na época, os jesuítas construíram um sobrado e uma fazenda com engenho na margem direita do Rio Cubatão. No sobrado havia uma capela onde eram ministrados os ofícios divinos. A partir de 1743, começou a ser celebrado missas em louvor à Nossa Senhora da Lapa. Em 9 de abril de 1937, a pequena Capela transformou-se em Paróquia, no mesmo ano, houve o desmembramento da Paróquia do Valongo, sendo nomeado primeiro Vigário o Pe. Paulo de Rossi.
Atualmente as ruínas da antiga Matriz de Nossa Senhora da Lapa se encontram submersas nas águas do Rio Cubatão.
Em 1936, teve início a construção do atual templo, situado na Avenida Nove de Abril, no Centro de Cubatão. A atual Igreja Matriz de Nossa Senhora da Lapa, foi inaugurada em 1950, da antiga Capela, permaneceu a imagem de Nossa Senhora da Lapa, que se encontra no lado direito do altar-mor.